2000年11月7日，重庆海关、重庆港务集团以及重庆市外经贸委召开了首次关、港、贸三方协作联席会，就联手推动重庆及周边地区进出口贸易及集装箱运输发展，实现关、港、贸三方物流监管信息的传递与共享进行了探讨研究，并以此为契机，建立了“关、港、贸”协作机制。

2002年4月23日，《重庆市口岸物流信息系统规划方案》通过了由重庆市计委、外经贸委、海关、港口、检验检疫局、信产局以及相关外贸、货代、船代企业的领导和专业人士组成的专家组的评审。由于口岸物流信息平台的建设是一项跨部门、跨行业的系统工程，它的的运作和发展离不开政府的协调和推动，为此，重庆市外经贸委、重庆海关和重庆港务集团决定从国家外贸、科技发展的整体利益出发，共同组建一个非盈利性的机构，作为建设重庆口岸物流信息平台的承办单位，进行各行业和部门之间的有效协调。

2002年8月获得交通部批准（厅水发[2002]383号文），加入全国交通运输EDI信息网。

2003年成为长江流域六省二市率先与上海EDI中心互联互通的港口城市。

2003年1月16日，经重庆市机构编制委员会批准，重庆国际贸易电子数据交换中心正式成立，本着“政府推动、第三方实施、市场化运作”的原则，担负起建设、发展重庆口岸物流EDI系统工程的工作。

2005年展开与中国电子口岸的合作，并发展成为重庆地方电子口岸港口数据分中心

2007年5月，交通部同意将“重庆港航EDI中心”更名为“交通电子口岸重庆分中心”（厅函水[2007]103号文），成为全国第一个挂牌成立的地方交通电子口岸数据分中心。